Az Osztrák-Magyar Monarchia 1918-as összeomlása után egy rövid átmeneti időszak következett, melynek során az új független Magyarország bel- és külpolitikája megszilárdult, ami szükségessé tette a Szuverén Máltai Lovagrenddel való kapcsolatok szabályozását. Ez a szándék egybeesett azzal a törekvéssel, hogy a Rend magyar ága újra autonóm területi szervezetet kapjon, négy évszázaddal azután, hogy az a török hódoltság miatt felbomlott.

A rend nagymestere, Fra’ Galeazzo von Thun und Hohenstein 1925-ben gróf Karátsonyi Jenő nagykeresztes tiszteleti tartománynagyot nevezte ki rendkívüli követté és meghatalmazott miniszterré Magyarországra. Megbízólevelének átadása Horthy Miklós kormányzónak a diplomáciai kapcsolatok hivatalos kezdetét jelentette a Máltai Lovagrend és a Magyar Királyság között.

A rendkívüli követ egyik legfontosabb kezdeti feladata a rend magyarországi szervezeti felépítésének helyreállítása volt, részben új tagok felvételével, részben pedig a Cseh-Osztrák Nagyperjelséghez tartozó magyar rendtagok bevonásával. Szervezői munkájának köszönhetően 1927-ben elegendő tag állt rendelkezésre egy önálló Magyar Szövetség létrehozására.

A Máltai Lovagrend és Magyarország közötti diplomáciai kapcsolatok 20 évvel később, 1945-ös összeomlást és az azt követő kommunista hatalomátvételt követően megszakadtak.

A kommunista rezsim vége és a vasfüggöny felszámolása után 1990-ben újraindulhattak a nagyköveti szintű diplomáciai kapcsolatok. Azóta a következő személyek szolgáltak a Rend magyarországi nagyköveteiként:

Nagykövetek 1990 után

1. Graf Alexander Mensdorff-Pouilly – 1990. december 7-én adta át megbízólevelét
2. Dr. Erich Kussbach – 2005. április 12-én adta át megbízólevelét
3. Habsburg-Lotharingiai Mihály  –2013. október 1-én adta át megbízólevelét
4. Ugron Imre –2016. június 13-án adta át megbízólevelét
5. Dr. Heinz Anton Hafner –2022. október 18-án adta át megbízólevelét.

A nagykövet a Szuverén Máltai Lovagrendet képviseli a magyar államfő és kormány előtt, egyben összekötőként is működik a Rend római kormánya és a helyi rendi szövetség között. A nagykövetség fő feladata a Rend érdekeinek előmozdítása a humanitárius diplomácia területén.

Magyarországon intenzív együttműködés folyik a Magyar Máltai Lovagok Szövetségével és a Magyar Máltai Szeretetszolgálattal, azzal a céllal, hogy a lehető legjobban támogassa karitatív tevékenységüket. A Rend együttműködése a magyar kormánnyal a 2010-ben aláírt kétoldalú együttműködési megállapodáson alapul. A megállapodás alapján folytatott humanitárius projekteket évente egy közös értekezleten értékelik, amelyen a kormány tagjai és a Rend képviselői vesznek részt.